Миф об НЛО — один из самых распространённых, а в русскоязычном комьюнити он стал, пожалуй, наиболее популярным, обойдя по известности бигфута. Он подпитывается прямыми и косвенными упоминаниями в игре внеземных цивилизаций, а также некоторой загадочностью всей пустыни Сан-Андреаса, усиливаемой присутствием радара «Большое ухо» и Зоной 69.

На 2009 год убедительных свидетельств наличия в игре НЛО нет. Существует огромное число скриншотов и видеозаписей с предполагаемыми НЛО, однако, насколько можно судить, все или практически все они — подделки либо сделаны с использованием модов. Так-же студия MultiWorkSA провела своё расследование в штате Сан-Андреас и никаких доказательств существования НЛО найдено не было.

В игре есть одна «летающая тарелка», существование которой не вызывает сомнений. Это макет, использующийся в качестве наружной рекламы возле бара Lil' Probe’Inn.

Неопытные игроки иногда принимают за НЛО передвигающиеся по небу и оставляющие за собой след огни, которые часто можно увидеть ночью. Однако в данном случае авторы игры, скорее всего, хотели создать впечатление самолётов с включёнными аэронавигационными огнями. Как показывает наблюдение, в реальности это просто огни (не самолёты), перемещающиеся над всем штатом по кругу в направлении против часовой стрелки. Теоретически их можно догнать на истребителе Hydra, но из-за сильной облачности на большой высоте и ограниченной видимости ночью это сделать довольно трудно.

Также в локации Back O' Beyond (там же находится машина-призрак и якобы обитает бигфут) на берегу заболоченного озера в двух местах ночью можно увидеть пятна света (при полном отсутствии источников света), которые некоторые игроки принимают за свет от прожекторов НЛО. Однако других признаков присутствия НЛО в этом месте не обнаружено, что позволяет списать световые пятна, например, на болотный газ или просто на ошибку разработчиков.

В игре есть следующие прямые или косвенные упоминания НЛО и внеземных цивилизаций:

• В миссии Stowaway правительственные агенты на борту самолёта произносят реплики, свидетельствующие об их внеземном происхождении (пасхальное яйцо — «люди в чёрном»).
• В миссии Green Goo игроку необходимо похитить неизвестную зелёную субстанцию. Её природа в игре никак не объяснена, и возможно, что авторы подразумевали её внеземное происхождение, так как текстура для Green Goo называется alien_liquid (инопланетная жидкость).
• В баре Lil' Probe’Inn на стенах висит множество фотографий НЛО.
• Правда иногда упоминает о присутствии инопланетян в американском правительстве.
• В одном из выпусков новостей на WCTR упоминается, что жители Округ Боун видели неизвестные огни над пустыней.
• В сельской местности и пустыне можно встретить человека, одетого в чёрный плащ со шляпой. Если его задеть, он будет говорить фразы, явно намекающие на НЛО